自1998年修订《外汇及外国贸易法》（下称“外汇法”）之后，日本政府的审批职能大幅缩小，对于外资进入，仅保留了部分涉及国家安全与能源政策等行业的的事前申报程序，对一般行业则普遍采用事后报告制度。

日本的《关于禁止私人垄断及确保公平交易的法律》(下称“反垄断法”)对以下4种妨害市场竞争的行为进行限制：①私人垄断；②不正当的交易限制；③不公正的交易方法；④企业结合。涉及外资并购的反垄断审查，主要集中在对企业结合（即：经营者集中）行为的审查上。

针对不同的企业合并行为，反垄断法规定了不同的事前申报标准：

(1)股份收购

(2)合并

(3)共同新设分立

(4)吸收分立

(5)共同股份转让

(6)事业等的受让

除股份收购外，以上的并购方式中，当所有的参与公司均属于同一个企业集团名下时，免除申报的义务。

不同的并购方式对应的申报义务人也有所区别。采用企业合并、共同新设分立、吸收分立以及共同股份转让方式的所有参与公司，都要依法进行申报。若采用股份收购、事业等的受让的方式，则仅要求取得方对相关内容进行申报。

对日并购的方式可谓多种多样，可以通过股份转让进行，如协议交易、要约收购以及定向发行股份等方式，也可以通过事业转让、股份交换、股份转移等资产置换的形式，企业合并与分立也是常见的手段。不过最普遍的仍属股份转让，例如苏宁收购LAOX、海尔收购三洋电机、复星收购IDERA均是通过股份转让完成的并购。

当目标公司为上市公司时，并购过程中涉及的股份转让，应当符合《金融商品交易法》的规定，如股份交易应当遵循的流程及特定情况下交易当事人需要履行的义务等。对于作为投资方的收购人来说，尤其要注意以下两项制度对拟进行的收购计划可能产生的影响。

(1)大量持股报告制度

日本法中规定，持有上市公司已发行股票总数5%以上(包括新股预约权等潜在股份)的持股人，原则上必须在5个工作日内提交大量持股报告书。在计算持有比例时，需要将约定共同取得该股票或共同行使表决权等权利者，及母子公司、兄弟公司等持有的股票数一并合算。大量持股报告书中还要记载持股比例、有关取得资金的事项、持股目的等事项。此后，持股比例每增加或减少1%以上时，同样需要在该变更发生之日起的5个工作日内提交报告书。

(2)要约收购制度

在要约收购中，要约人原则上可以设定收购股票数额的上限和下限，即预先做出如果承诺出售的股票数额低于该下限时不实施任何收购行为，在高于该上限的情况下对超出部分的全部或部分不予收购等约定。但在该要约收购以后，收购人与关联方的持股比例合计超过2/3的，收购人负有全部收购义务，即收购所有承诺出售的股票而不得设置上限或者下限。这种全部收购义务适用目标公司发行的所有股份，包括新股预约权。

收购人须进行要约收购公告，在该公告中记载要约收购目的、价格、期间、预定收购股票的数额等，并依照规定提交要约收购申报书。目标公司在公告日起10个工作日内必须提交意见声明报告书，表明对该要约收购的赞成、中立或反对的意见，同时可以在报告书中向要约收购人提问。针对目标公司的问题，收购人必须在5个工作日内提交回答报告书。若公司持反对态度，则该次收购就变成了敌意收购。